地震予知研究センターは、地震発生とその予知に関する研究を総合的に推進するために、平成2（1990）年6月、防災研究所所属の３研究部門と５観測所および理学部所属の地震予知観測地域センターと３観測所を統合・再編成し、新たに防災研究所附属施設として設置された。
本研究センターは、固体地球科学を基礎とした多くの研究分野の緊密な協力によって、地震予知に関する基礎研究と技術開発を行うとともに、地震発生のメカニズムを解明し、最終的に地震予知手法を確立し、地震災害の軽減に資することを目的としている。
平成8(1996)年、防災研究所が全国共同利用研究所に改組されたことに伴い、本研究センターも9研究領域（内客員1）と8観測所により構成されることとなった。さらに，平成１７(2005)年４月第１期中期計画を確実にかつ速やかに実施するための改組に伴い、２研究領域が地震防災研究部門へ移行され、７研究領域８観測所として現在に至っている。
センターの研究領域は大部門的に運営され、相互に有機的連携を保って研究が行われており、多くのプロジェクト的な研究や観測の実施に当たっては、随時研究領域の枠を越えて自由に研究チームを作り研究活動を行っている。また、共同利用的な運営を進め、地震防災部門をはじめ学内外の研究者との共同研究を推進し、地震防災関連の研究との緊密な連携をとっている。
今世紀半ばまでに、南海トラフ沿いのプレート間巨大地震の発生確率がピークに達するとされている。また、それに向けて西南日本内陸部における地震活動が活発化し、大きな被害地震も増えると予測される。これら「南海トラフ沿いの巨大地震の予知」および「内陸地震の予知」の研究を一層協力に推進すると共に、研究成果の社会への効果的な普及「Outreach」を当センターにおける研究の3本柱としている。
